E-äri tehnoloogia on siiani väga kiiresti arenev ja see loob lisaks võimalustele ka ohtralt väljakutseid. Turul on liiga palju standardeid, aga universaalselt tunnustatud standardeid on liiga vähe. Rakenduste arendamise vahendid on siiani arengus ning interneti ja e-äri tarkvara integreerimine koos eksisteerivate rakenduste ja andmebaasidega on keerukas ettevõtmine. Samuti või olla ebapiisav telekommunikatsiooni ülekandekiirus, eriti mobiilse e-äri puhul.

E-äri võrgustikus peavad süsteemid omavahel kokku töötama ja ühilduma, aga kuna universaalseid standardeid ei ole, esineb seda tavapäraselt liiga vähe ja konkurentide tehnoloogia kasutamine on tavaliselt piiratud, seega ka tõeline ühilduvus puudub.