Kui põhjavesi on saadaval ja ka kergesti ligipääsetav, võib seda kasutada soojusallikana, sest põhjavee temperatuur on aastaringselt vahemikus 7° - 12° C.Põhjavee kollektori süsteemis on kaks vertikaalset või kaldu puurauku (vt. joonis 10. Põhjavee kollektorsüsteem), mille vahekaugused on 15 - 20 m ja sügavus umbes 25 m. Antud tehnoloogilise protsessi erinevuseks võrreldes teiste kollektorite paigaldussüsteemidega on, et kollektor paikneb hoones ja läbi selle juhitakse põhjavett. Vett võetakse ühest kaevust ja juhitakse teise.